序卷之一头目卷之二耳鼻舌卷之三口面项喉卷之四心神卷之五胸腹卷之六身卷之七背手足卷之八溺孔肛门
尚论篇
叙卷一·琼瑶神书天部宋徽宗皇帝崇宁五年琼瑶真人一书手法序一琼瑶真人用升阳升阴气上气下之手法讲论歌二琼瑶标本运气歌三琼瑶辨十二经水火分治法四宋徽宗崇宁皇帝论五论手足阴阳流注篇六络脉传注周流不息七琼瑶真人
绪 言第一章 经络总论一、经络的组成和作用二、经络的标本、根结、气街、四海三、经络的生理功能和临床应用第二章 腧穴总论一、腧穴的发展、分类和命名二、腧穴的作用三、特定穴的意义和特点四、腧穴的定位第三章
序小引卷一望色一望色二望色三闻声问症切脉五脏平脉男女异脉无病经脉脉分四时六气七怪脉歌八脉该二十八字脉象节录病机赋脉有宜忌妇人脉法小儿脉法中风痨症附录慎柔五书卷二肿消水圣愈汤辛附子汤胀臌症六君子汤噎膈反
秘书源流刘国师禁方秘传叶保太仙授接骨奇方临症口诀
肠痈急劳走马牙疳西法化验倒视痧秽宜嚏、过饱宜吐痧症、鼠疫寒包暑热久咳、风温咳风寒二便不通神昏谵语（一）用药分量胎黄鼻衄湿温、疝气、风疹、热入血室、阳明经白虎证、天花、时气肝气为湿热所遏 痘不化浆神昏谵
《滇南本草》序一《滇南本草》抄本跋《滇南本草》抄本后序重刊《滇南本草》序《滇南本草》序二第一卷石莲花木贼贯众七星草石苇白果松节、松笔头、松香、地盘松球侧柏叶玉兰花野棉花云连白芍、赤芍牡丹皮鸡头实荷叶藕
前言辅行诀脏腑用药法要一 辨肝脏病证文并方二 辨心脏病证文并方三 辨脾脏病证文并方四 辨肺脏病证候文并方五 辨肾脏病证文并方六 五脏泻方七 救五脏诸劳损病方八 二旦六神大小汤九 救五脏中恶卒死方附录
锲斗垣申君校正外科启玄序序校正外科启玄自序外科启玄附痘科序后序卷之一明疮疡标本论明疮疡脉理论明疮疡是阴阳相滞论明疮疡分五善七恶论明疮疡原无定处论明疮疡色脉形症当参相应论明疮疡部位所属经络论明疮疡生十二