序一序二序三自序卷一草部黄甘草人参北沙参丹参元参白术苍术葳蕤黄精狗脊石斛远志石菖蒲牛膝甘菊花五味子天门冬麦门冬款冬花紫菀旋复花百部桔梗马兜铃白前白芨半夏天南星贝母栝蒌实天花粉夏枯草昆布独活羌活防风本葛
自序心部药队补心猛将北五味酸枣仁柏子仁远志肉丹参龙眼肉麦门冬当归次将白芍药茯苓神猪心血琥珀淮小麦合欢皮龙角泻心猛将牛黄石菖蒲黄连木通辰砂犀角次将山栀仁连翘通草车前子叶竹卷心灯心莲子心石莲子安息香乳香金
黄帝素问灵枢叙自序卷一 刺法九针十二原一小针解二九针论三官针四终始五官能六卷二 刺法刺节真邪七逆顺八行针九血络论十论勇十一论痛十二五邪十三五乱十四五禁十五玉版十六师传十七外揣十八禁服十九卷三 经络经脉
第1部分第2部分第3部分
序发凡卷一补养之剂六味地黄丸附桂八味丸知柏八味丸七宝美髯丹还少丹黑地黄丸虎潜丸天真丸三才封髓丹大造丸补天丸人参固本丸参乳丸天王补心丹孔圣枕中丹大补阴丸滋肾丸（又名通关丸）斑龙丸龟鹿二仙膏补火丸唐郑相国
序引补剂用药中风咳嗽吐血中暑痢疾阴症老人妇人小儿外科治法制剂煎药服药法延医秘方诡诞宗传跋
卷一妇女逐年经症室女十三四岁行经室女十五六岁妇女十七八岁妇人十九二十嫁出时妇人二十一二妇人二十三四妇人二十五六妇人二十七八妇人二十九三十妇人三十四五妇人三十六七妇人三十八九妇人五十一二卷二诊妇人有孕论
叙上卷一、太极图抄引二、太极图（图缺）三、太极图说四、不知《易》者不足以言太医论五、问三才所同者于人身何以见之六、命门图说（图缺）七、右肾水火辩九、《难经正义》三焦评附：东垣三焦论十、问诊三焦包络十一
肠痈急劳走马牙疳西法化验倒视痧秽宜嚏、过饱宜吐痧症、鼠疫寒包暑热久咳、风温咳风寒二便不通神昏谵语（一）用药分量胎黄鼻衄湿温、疝气、风疹、热入血室、阳明经白虎证、天花、时气肝气为湿热所遏 痘不化浆神昏谵
自序卷之一痈疽之源（一）痈疽之别（二）脉法（三）分经络（四）善恶（五）虚实（六）内消（七）内托（八）灸（九）针烙（十）砭镰（十一）敷贴(十二）淋洗（十三）将护（十四）禁忌（十五）肿疡(十六)发表辛凉解