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序卷上一、道生二、阴阳六十四卦、方圆二图三、色诊四、脉诊五、藏象卷下一、经络二、治则三、病能
管序黄序总论十二时气血流注歌发散方十三味总方十四味加减方七厘散飞龙夺命丹地鳖紫金丹三十六大穴图说少林寺秘传内外损伤主方损伤补药方王瑞柏损伤用药论十全大补汤四物汤四君子汤八珍汤补中益气汤六君子汤加味承气
叙上卷一、太极图抄引二、太极图（图缺）三、太极图说四、不知《易》者不足以言太医论五、问三才所同者于人身何以见之六、命门图说（图缺）七、右肾水火辩九、《难经正义》三焦评附：东垣三焦论十、问诊三焦包络十一
孙序卷一三吴治验万历龙飞二年吴小峰小川目疾万历甲戌沈中丞案张孝廉后渠大头疫吴江孙行人痛风（有发明）郑都谏公子痘（有发明）张文学子心病虚弱（有发明）大宗伯董浔阳翁脾胃疾（有发明）董龙山夫人便血马厨疟痢并
余无言医案及医话
简介《难经》简介论 脉 01-22难论经络 23-29难论脏腑 30-47难论 病 48-61难论穴道 62-68难论针法 69-81难
《妇人良方》序识别修制药物法度卷之一调经门月经绪论第一精血篇第二《产宝方》序论第三王子亨方论第四月水不调方论第五月水不通方论第六《养生必用》论经病第七室女月水不通方论第八室女经闭成劳方论第九血枯方论第
药性歌括四百味
张序自序卷上经义论证阴虚论治阳虚论治咳嗽失血骨蒸遗精女人月闭诸虚见症论虚损劳瘵论虚损传变论五劳七伤六极辨虚火论脉论爪论嚏虚损危候辨似损非损卷下六味地黄丸八味丸（崔氏）大补元煎（新方）左归饮（新方）右归